Dans son rapport sur "l’accès des jeunes à l’emploi", publié le 5 octobre 2016, la Cour des comptes pointe "le manque de cohérence de l’organisation locale" des acteurs de l’emploi. Pour la Cour, les Missions Locales « présentent des faiblesses particulières, tant dans leur gouvernance que dans leur fonctionnement ». Dans sa réponse, l’UNML soutient que « la structuration territorialisée du réseau des Missions Locales n’entrave en rien les économies d’échelle, ni la mutualisation des fonctions. C’est la volonté des acteurs locaux notamment les élus, autour d’un projet commun, qui est déterminante dans ce cadre et non la taille des structures ou l’organisation du réseau. »

Si la Cour des comptes reconnait que la densité de couverture du territoire par le réseau des Missions Locales est un atout pour répondre aux besoins des jeunes, elle relève que la « structuration actuelle du réseau des Missions Locales entrave les économies d’échelle et une mutualisation des fonctions qui pourraient réduire les coûts", expliquant que "les Missions Locales n’ont pas été créées selon une taille optimale, mais de façon empirique" et que "la mutualisation de leurs moyens reste encore limitée". Parmi les 12 recommandations formulées dans son rapport, elle préconise donc "d’améliorer l’efficacité des Missions Locales en rationalisant et en professionnalisant leur gestion ; en particulier, mutualiser leurs fonctions administratives, financières et d’ingénierie des projets".