Créé par l’article 58 de la loi d’orientation agricole n° 2006-11 du 5 janvier 2006, le Haut Conseil de la Coopération Agricole est un établissement public doté de la personnalité morale.

La loi a doté le Haut Conseil de la Coopération agricole des missions suivantes :
 Contribuer à la définition et à la mise en œuvre des politiques publiques en matière de coopération agricole et veiller à son adaptation en conciliant efficacité économique et développement territorial.
 Etre le garant du respect des textes et des règles de la coopération agricole et délivrer et retirer l’agrément des coopératives.
 Assurer le suivi de l’évolution économique et financière du secteur coopératif.
 Définir les principes et élaborer les normes de la révision.
Le Haut Conseil rend chaque année un rapport sur son activité au gouvernement.