L’accord signé par la France avec le Saint Siège sur « la reconnaissance des grades et diplômes dans l’enseignement supérieur » remet en cause la laïcité de la République. C’est contre cet accord que les deux associations déposent un recours commun auprès du Conseil d’Etat.
Le 18 décembre 2008 un accord sur « la reconnaissance des grades et diplômes dans l’enseignement supérieur » a été signé par Bernard Kouchner, ministre des Affaires étrangères et européennes, et Dominique Mamberti, secrétaire au Saint Siège pour les relations avec les Etats. Un décret du 16 avril 2009 signé par le Président de la République en porte publication. Cet accord est inadmissible. Il remet en cause la laïcité de la République en privilégiant une option spirituelle et en mettant fin au monopole d’Etat pour la collation des grades dans l’enseignement. Il méprise, en outre, les prérogatives du Parlement auquel, selon l’article 53 de la Constitution, doit être soumis tout accord international modifiant la législation.