Au-delà de la polémique suscitée par le risque de privatisation du financement de notre système de santé, sujet important mais trop caricatural et surtout rejeté sans appel par une très grande majorité de nos concitoyens, le CISS a retenu 5 problématiques qui constituent les enjeux prioritaires en matière de santé :

 Les déserts médicaux et l’impératif d’une meilleure répartition des professionnels de santé, en particulier des médecins, sur l’ensemble du territoire.
 Les restes-à-charge et les réponses à apporter aux failles identifiées dans notre système de prise en charge.
 La pertinence des soins de façon à lutter contre les soins inutiles et ainsi réorienter les ressources disponibles vers ceux nécessaires mais restant aujourd’hui non ou mal
remboursés.
 Le prix des médicaments innovants pour que, dans cette même logique d’une optimisation des ressources consacrées à la santé, celles-ci puissent servir à promouvoir l’innovation thérapeutique en la finançant justement afin que son accessibilité soit assurée à tous ceux qui en ont besoin.
 La santé publique avec l’objectif de permettre que la prévention et l’éducation à la santé prennent plus de place dans le système de santé français, grâce à des politiques à même d’atteindre les populations les plus éloignées du système de santé, de façon à contribuer à la réduction des inégalités de santé et à non pas à la stigmatisation des comportements.